O Programa de Pós-Doutorado é um programa de aprimoramento em pesquisa avançada, sob supervisão de pesquisador experiente, realizado por portadores de título de doutor, com o objetivo de melhorar o nível de excelência científica e tecnológica da Universidade. É importante notar que o Pós-Doutorado consiste num estágio de pesquisa, não implicando no recebimento de um título ao concluir-se o trabalho, sendo expedido apenas um certificado de que o pesquisador desenvolveu a pesquisa de Pós-Doutorado no SET.

O candidato ao Programa deve possuir título de Doutor de qualquer instituição, nacional ou estrangeira. A participação no programa será aceita dentro das seguintes condições:
I – se for financiada por bolsa de pós-doutorado ou bolsa equivalente;
II – se houver concessão de afastamento remunerado de instituição de pesquisa e ensino ou empresa no caso do candidato estar vinculado a uma dessas;
III – sem bolsa, a critério da Comissão de Pesquisa da EESC.

Durante o programa de pesquisa, os pós-doutorandos regularmente admitidos e inscritos no sistema pertinente poderão participar de capacitação didática em atividades dos cursos de graduação, sob supervisão de docente da Universidade. Também terão direito à utilização dos serviços de bibliotecas, acervos e laboratórios oferecidos pela Universidade aos seus docentes, segundo a regulamentação dos órgãos competentes, bem como à rede USPnet.

Para admissão no Programa, o candidato deve primeiramente encontrar um possível supervisor que concorde em supervisionar o trabalho do candidato. O Supervisor deve possuir título de Doutor e ser docente ativo do SET ou possuir credenciamento e termo de colaboração ou adesão válido durante todo o período do Plano de Trabalho como Professor Sênior, Professor Colaborador, Professor Visitante ou Pesquisador Colaborador no SET. O Candidato deverá então apresentar um Plano de Trabalho, incluindo o Projeto de Pesquisa, aprovado pelo Supervisor.

Entende-se por Plano de Trabalho o detalhamento de todas as atividades a serem desenvolvidas pelo pós-doutorando, com justificativa e cronograma de execução. O Plano de Trabalho deverá conter atividades que disseminem os resultados da pesquisa e promovam a interação com os corpos docente e discente da Unidade. Entende-se por Projeto de Pesquisa o documento elaborado para articular e organizar a proposta de pesquisa, contendo a formulação do problema, objetivo, justificativa, metodologia e cronograma de execução.

O Projeto de Pesquisa deve estar obrigatoriamente incluído no Plano de Trabalho e deve seguir as normas em vigência da EESC e da USP. Já o Plano de Trabalho completo deverá ser aprovado pela Comissão de Pesquisa. Caso o candidato possua bolsa aprovada, o parecer de mérito emitido pela assessoria da Agência de Fomento poderá ser utilizado para avaliação.

Para se obter certificado de conclusão do Programa, é necessário cumprir a carga horária mínima de 960 horas e apresentar relatório final aderente ao Plano de Trabalho, aprovado pelo Supervisor e pela Comissão de Pesquisa.